Esta fase tiene como objetivo conocer el aporte de cada sujeto al tiempo de observación en la cohorte, conocer y evaluar cambios en la exposición, conocer el estatus vital del individuo e identificar los casos de cáncer.
En el año 1996 se inició un seguimiento activo de todos los individuos que forman la cohorte y se finalizó en 1999. Para ello se elaboró un cuestionario de seguimiento informatizado realizándose vía telefónica. El cuestionario presentaba diversas secciones sobre cambio de peso, aspectos clínico quirúrgicos, consumo de suplementos vitamínicos, alcohol, tabaco, actividad laboral y física. En el cuestionario para mujeres se incluyó una sección sobre historia reproductora, tratamiento hormonal, anticonceptivo y terapia hormonal sustitutoria.
Las pérdidas de individuos son una cuestión clave en los estudios de cohorte por lo que se idearon muy distintos mecanismos para contactar con el máximo número de individuos. Se recurrió tanto a variables contacto recogidas en el reclutamiento teléfono de familiar y empresa, como a distintos registros Registro de Donantes, Registro de Altas Hospitalarias, Tarjeta Individual Sanitaria, Padrón Municipal y Centros de Salud. El primer seguimiento activo tuvo una muy buena respuesta pudiéndose contactar finalmente con más del 98% de la cohorte.
Además se emplean otros métodos de seguimiento, como los cruces informáticos que se realizan anualmente con distintos registros. La fuente principal para la identificación de los fallecidos y el conocimiento de la causa son el Registro de Mortalidad del Instituto Nacional de Estadística (INE) y los Registros de Mortalidad autonómicos. La identificación de los casos de cáncer se realiza a través de los Registros de Cáncer poblacionales de cada una de las regiones participantes.
Hasta enero del 2002 han sido identificados 1.332 casos de cáncer y han fallecido un total de 579 individuos.